Restaurer les milieux aquatiques

Sur 46 000 km linéaires de cours d’eau en Provence-Alpes-Côte d'Azur, 2 000 km sont identifiés comme réservoirs biologiques et 670 km sont en très bon état écologique (DREAL, 2022)

Les milieux aquatiques — rivières, zones humides, lacs ou encore petits cours d’eau — jouent un rôle fondamental dans le maintien des équilibres naturels. Véritables réservoirs de biodiversité, ils assurent de nombreuses fonctions écologiques : régulation du cycle de l’eau, purification naturelle, prévention des inondations et atténuation des effets du changement climatique. En plus de leurs fonctions écologiques, ces milieux rendent de précieux services aux populations locales : eau potable, irrigation, activités de loisirs ou encore pêche.

Pourtant, ces écosystèmes sont aujourd’hui fortement dégradés. L’artificialisation des sols, les aménagements hydrauliques, les pollutions agricoles ou industrielles et le réchauffement climatique ont profondément modifié leur fonctionnement naturel. Les cours d’eau sont souvent canalisés, les zones humides asséchées, la faune et la flore appauvries. Ces perturbations mettent en péril la qualité de l’eau, la biodiversité aquatique et la résilience des territoires face aux événements climatiques extrêmes.

Espace public en plein air © ARBE

62 % des masses d’eau superficielles sont en bon état écologique et 75 % en bon état chimique. 91 % des masses d’eau souterraine sont en bon état quantitatif et 81 % en bon état chimique (DREAL, 2022)

Restaurer les milieux aquatiques, c’est agir pour réparer ces déséquilibres. Cela passe par des interventions visant à redonner aux rivières leur mobilité, à reconnecter les zones humides ou à réintroduire des espèces locales. Cette restauration nécessite une approche durable, qui prend en compte les besoins écologiques tout en intégrant les usages humains de l’eau. Elle repose sur la coopération des acteurs locaux — élus, agriculteurs, gestionnaires de bassin, citoyens — pour construire ensemble des territoires plus résilients, où l’eau retrouve sa juste place dans le paysage.

La ressource en eaux de surface est de 14 milliards de m3 (68 milliards avec le Rhône). Elle couvre 86 % des usages de l’eau dont les 2/3 proviennent du système Durance–Verdon (DREAL, 2022)

Contexte réglementaire

Depuis 2014, la compétence GEMAPI (Gestion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations) est confiée aux intercommunalités. Elle leur permet de piloter les actions de restauration des cours d’eau et de prévention des risques liés aux crues et aux inondations.

Ces actions s’inscrivent dans le cadre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), qui impose l’atteinte du bon état écologique des masses d’eau, et de la Directive Inondation (DI), qui vise à réduire les risques d’inondation par une meilleure gestion des zones à risque (à travers les PGRI — plans de gestion des risques d’inondation).

Ainsi, tout projet mené sur un cours d’eau doit respecter ces obligations européennes, en articulation avec les schémas locaux de gestion (SAGE) et les programmes des Agences de l’eau, garantissant une restauration cohérente et durable des milieux aquatiques.

Illustration en actions

Communauté d'agglomération Provence-Alpes Agglomération (04) – Favorisation de plantation de haies et de création de mares sur le territoire avec le projet « Marathon de la biodiversité »

Lancée en 2022 avec le soutien financier de l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse (70 %) et de Provence Alpes Agglomération (30 %) pour un budget total de 260 000 €, cette initiative vise à renforcer la biodiversité sur le territoire. Sur une durée de quatre ans, l’objectif consiste à planter 10 km de haies champêtres et à créer 10 mares écologiques sur le territoire. L’appel à candidatures était ouvert aux agriculteurs, collectivités et propriétaires privés, avec un accompagnement technique individualisé pour chaque projet.

Le projet s’appuie sur un partenariat pluridisciplinaire : CEN Provence-Alpes-Côte d'Azur (Conservatoire d’espaces naturels) pour le diagnostic écologique et le suivi, la Chambre d’Agriculture 04 et la SAFER (Société d’aménagement foncier et d’établissement rural) pour l’animation locale, et AGROOF avec le CIVAM (Centre d’initiatives pour valoriser l’agriculture et le Milieu rural) pour l’accompagnement technique jusqu’à la plantation. Les bénéficiaires accompagnés s’engagent par la suite à assurer l’entretien à long terme via convention.

Le Marathon de la biodiversité représente une action structurante pour le territoire : lutte contre l’érosion, amélioration de la qualité des sols, renforcement de la trame écologique, résilience agricole et gestion durable de l’eau dans un contexte de changement climatique.

Pour vous aider dans la mise en œuvre des actions

Pistes d'accompagnement

Agence de l’Eau
Données, informations, retours d’expériences, soutien financier (voir section « pistes de financements »)

Office Français de la Biodiversité (OFB)
Appui technique et expertises pour la restauration écologique ; anime également des appels à projets sur ce thème (pas d’AAP en cours mais à suivre régulièrement).

Parcs Naturels Régionaux
Accompagnement des collectivités dans la définition et la mise en œuvre de stratégies de restauration écologique, en lien avec les chartes des parcs.

Conservatoires d’espaces naturels (CEN)
Expertise technique pour la restauration et la gestion des milieux naturels, notamment aquatiques et humides.

Établissements Publics Territoriaux de Bassin (EPTB) et syndicats de bassin versant
Coordination et mise en œuvre des actions de gestion intégrée de l’eau à l’échelle des bassins versants, incluant la restauration des milieux aquatiques.

RRGMA
Constitue un soutien stratégique et technique (accès à des ressources, retours d’expériences, journées techniques, etc.), peut être un levier d’appui pour les élus et techniciens qui portent ou veulent initier des projets de restauration.

Pistes de financements

Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse : MAH1 Restauration des milieux aquatiques et humides dégradés, 2-MAH2-Continuite (eaurmc.fr), 2-MAH3-Preservation (eaurmc.fr) 12ème programme de l’Agence de l’Eau (2025-2030)

Montant : Jusqu’à 80% de l’assiette éligible en fonction du niveau d’ambition du projet.
Bénéficiaires éligibles: Collectivités territoriales, établissements publics, acteurs économiques (non agricoles), agriculteurs, associations, particuliers
Modalités : Dossier à transmettre au service territorial de l’Agence ; instruction en continue.
D’autres types d’aides de l’AE peuvent également être mobilisées sur ce thème notamment sur la reconquête de la Biodiversité (2-MAH4-Biodiversite (eaurmc.fr); L’ensemble des aides est directement consultable sur le site 12e programme "Sauvons l'eau 2025-2030" - Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse

Fonds vert (Ministère de la Transition écologique) - Volet "Protéger et restaurer les espaces naturels"

Objectif : Soutenir la restauration écologique et la protection des espaces naturels.
Montant : Jusqu’à 80 % du coût total.
Modalités : Dépôt des dossiers via la plateforme Démarches Simplifiées (accessible depuis Aide-territoires) jusqu’au 15/12/2025 pour l’année en cours.

Outils et ressources

Centre de ressources zones-humides.org : outils et retours d’expérience sur la gestion et restauration des zones humides.
Gest’eau : informations sur les SAGE (Schémas d’Aménagement et de Gestion des Eaux) et les contrats de bassin.
Aquagir : Plateforme nationale pour accompagner la mise en œuvre de la GEMAPI et la gestion intégrée des milieux aquatiques. Intègre un service d’appui et accompagnement personnalisé et gratuit.
AquaRepère : Base de données nationale et mise à disposition d’indicateurs sur la ressource en eau; ressources pédagogiques et techniques.
Agence de l’Eau Rhône Méditerranée Corse :

Guide Gestion de la végétation dans le cadre de la compétence GEMAPI (ARBE)
BASSIN ALPIN - Publication ANCT : Changement climatique en montagne : relever le défi de l'adaptation dans la gestion de l'eau et du tourisme

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