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Restaurer les milieux aquatiques

Solutions fondées sur la nature pour limiter les inondations et valoriser les cours d’eau

Sur 46 000 km linéaires de cours d’eau en Provence-Alpes-Côte d’Azur, 2 000 km sont identifiés comme réservoirs biologiques. 62 % des masses d’eau superficielles sont en bon état écologique et 75 % en bon état chimique (DREAL, 2022)

Les milieux aquatiques — rivières, zones humides, lacs ou encore petits cours d’eau — jouent un rôle fondamental dans le maintien des équilibres naturels. Véritables réservoirs de biodiversité, ils assurent de nombreuses fonctions écologiques : régulation du cycle de l’eau, purification naturelle, prévention des inondations et atténuation des effets du changement climatique. En plus de leurs fonctions écologiques, ces milieux rendent de précieux services aux populations locales : eau potable, irrigation, activités de loisirs ou encore pêche.

Pourtant, ces écosystèmes sont aujourd’hui fortement dégradés. L’artificialisation des sols, les aménagements hydrauliques, les pollutions agricoles ou industrielles et le réchauffement climatique ont profondément modifié leur fonctionnement naturel. Les cours d’eau sont souvent canalisés, les zones humides asséchées, la faune et la flore appauvries. Ces perturbations mettent en péril la qualité de l’eau, la biodiversité aquatique et la résilience des territoires face aux événements climatiques extrêmes.

L'Asse © Corinne ROEHLLY (ARBE)
L'Asse © Corinne ROEHLLY (ARBE)

62 % des masses d’eau superficielles sont en bon état écologique et 75 % en bon état chimique. 91 % des masses d’eau souterraine sont en bon état quantitatif et 81 % en bon état chimique (DREAL, 2022)

Restaurer les milieux aquatiques, c’est agir pour réparer ces déséquilibres. Cela passe par des interventions visant à redonner aux rivières leur mobilité, à reconnecter les zones humides ou à réintroduire des espèces locales. Cette restauration nécessite une approche durable, qui prend en compte les besoins écologiques tout en intégrant les usages humains de l’eau. Elle repose sur la coopération des acteurs locaux — élus, agriculteurs, gestionnaires de bassin, citoyens — pour construire ensemble des territoires plus résilients, où l’eau retrouve sa juste place dans le paysage.

La ressource en eaux de surface est de 14 milliards de m3 (68 milliards avec le Rhône). Elle couvre 86 % des usages de l’eau dont les 2/3 proviennent du système Durance–Verdon (DREAL, 2022)

Contexte réglementaire

Depuis 2014, la compétence GEMAPI (Gestion des Milieux Aquatiques et Prévention des Inondations) est confiée aux intercommunalités. Elle leur permet de piloter les actions de restauration des cours d’eau et de prévention des risques liés aux crues et aux inondations.
Ces actions s’inscrivent dans le cadre de la Directive Cadre sur l’Eau (DCE), qui impose l’atteinte du bon état écologique des masses d’eau, et de la Directive Inondation (DI), qui vise à réduire les risques d’inondation par une meilleure gestion des zones à risque (à travers les PGRI — plans de gestion des risques d’inondation).
Ainsi, tout projet mené sur un cours d’eau doit respecter ces obligations européennes, en articulation avec les schémas locaux de gestion (SAGE) et les programmes des Agences de l’eau, garantissant une restauration cohérente et durable des milieux aquatiques.

Illustration en actions

Communauté d'agglomération Provence-Alpes Agglomération (04) – Favorisation de plantation de haies et de création de mares sur le territoire avec le projet « Marathon de la biodiversité »

Lancée en 2022 avec le soutien financier de l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse (70 %) et de Provence Alpes Agglomération (30 %) pour un budget total de 265 000 €, cette initiative vise à renforcer la biodiversité sur le territoire. Sur une durée de quatre ans, l’objectif consistait à planter 10 km de haies champêtres et à créer 10 mares écologiques sur le territoire. Au final, 8 km de haies et 9 mares ont vu le jour. L’appel à candidatures était ouvert aux agriculteurs, collectivités et propriétaires privés, avec un accompagnement technique individualisé pour chaque projet.
La mise en œuvre de cette opération s’appuyait sur un partenariat pluridisciplinaire : CEN Provence-Alpes-Côte d'Azur (Conservatoire d’espaces naturels) pour le diagnostic écologique et le suivi, la Chambre d’Agriculture 04 et la SAFER (Société d’aménagement foncier et d’établissement rural) pour l’animation locale, et AGROOF avec le CIVAM (Centre d’initiatives pour valoriser l’agriculture et le Milieu rural) pour l’accompagnement technique jusqu’à la plantation. Les bénéficiaires accompagnés s’engagent par la suite à assurer l’entretien à long terme via une convention d’une durée de 10 ans avec Provence Alpes Agglomération, maître d’ouvrage.
Un suivi hydrologique et biologique des mares débute au printemps 2026 pour mettre en lumière les effets bénéfiques de ces aménagements pour la biodiversité.
Le Marathon de la biodiversité représente une action structurante pour le territoire : lutte contre l’érosion, amélioration de la qualité des sols, renforcement de la trame écologique, résilience agricole et gestion durable de l’eau dans un contexte de changement climatique.

EPAGE Verdon / PNR du Verdon (04) – Restauration et renaturation de la rivière du Colostre

Engagé sur 2012–2022 par le Parc Naturel Régional du Verdon et l’Etablissement Public d’Aménagement et de Gestion des Eaux [EPAGE]Verdon, ce projet relève d’une démarche de restauration des milieux aquatiques du bas Verdon. Il répond à une dégradation ancienne du Colostre : après des inondations, le cours d’eau a été rectifié, provoquant un enfoncement du lit et une altération des habitats, avec des impacts sur la biodiversité. La présence de nombreux seuils liés à l’irrigation et les enjeux de continuité écologique ont conduit à repenser le fonctionnement de la rivière.
Plutôt qu’une approche « seuil par seuil », les études ont débouché sur un projet de restauration globale, appuyé par une concertation locale. Les travaux ont permis la renaturation de deux secteurs : à Saint-Martin-de-Brômes, environ 2 km (création d’un bras secondaire, replantation de ripisylve, remodelage du lit, arasement de trois seuils) et à Allemagne-en-Provence sur1,5 km (remodelage, arasement de deux seuils, replantation de ripisylve).

Commune d’Auriol / EPAGE Huveaune–Côtiers–Aygalades (13) – Restauration d’un cours d’eau en ville : parc de la Confluence

Réalisé entre 2016 et 2019 dans le cadre du contrat de rivière du bassin-versant de l’Huveaune, le projet du Parc de la Confluence (Huveaune–Vède) articule aménagement urbain et restauration des milieux aquatiques. Portée par la commune d’Auriol avec l’ Etablissement Public d’Aménagement et de Gestion des Eaux [EPAGE] HuCA, l’opération visait à la fois la diminution du risque inondation et l’amélioration de la qualité physique du cours d’eau, avec des effets attendus sur la biodiversité.
Sur la base d’études hydrauliques et de modélisations, les travaux combinent restauration du lit et des berges et gestion des crues : abaissement de la rive gauche pour orienter les débordements vers des parcelles communales, création d’une zone humide jouant un rôle d’expansion/régulation, et restauration écologique des berges. Cette renaturation a aussi permis une réappropriation du site par les habitants, en créant un grand parc urbain : espace de nature et de loisirs, et déplacements doux, améliorant concrètement le cadre de vie tout en renforçant la résilience du secteur.

Découvrez d’autres retours d’expériences sur ce thème

Pour vous aider dans la mise en œuvre des actions

Pistes d'accompagnement

Agence de l’Eau
Données, informations, retours d’expériences, soutien financier (voir section « pistes de financements »)
Office Français de la Biodiversité (OFB)
Appui technique et expertises pour la restauration écologique ; anime également des appels à projets sur ce thème.
Parcs Naturels Régionaux
Accompagnement des collectivités dans la définition et la mise en œuvre de stratégies de restauration écologique, en lien avec les chartes des parcs.
Conservatoires d’espaces naturels (CEN)
Expertise technique pour la restauration et la gestion des milieux naturels, notamment aquatiques et humides.
Établissements Publics Territoriaux de Bassin (EPTB) et syndicats de bassin versant
Coordination et mise en œuvre des actions de gestion intégrée de l’eau à l’échelle des bassins versants, incluant la restauration des milieux aquatiques.
RRGMA
Constitue un soutien stratégique et technique (accès à des ressources, retours d’expériences, journées techniques, etc.), peut être un levier d’appui pour les élus et techniciens qui portent ou veulent initier des projets de restauration.

Pistes de financements

Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse : MAH1 Restauration des milieux aquatiques et humides dégradés, 2-MAH2-Continuite (eaurmc.fr), 2-MAH3-Preservation (eaurmc.fr) 12ème programme de l’Agence de l’Eau (2025-2030)
  • Montant : Jusqu’à 80% de l’assiette éligible en fonction du niveau d’ambition du projet.
  • Bénéficiaires éligibles: Collectivités territoriales, établissements publics, acteurs économiques (non agricoles), agriculteurs, associations, particuliers
  • Modalités : Dossier à transmettre au service territorial de l’Agence ; instruction en continue.
  • D’autres types d’aides de l’AE peuvent également être mobilisées sur ce thème notamment sur la reconquête de la Biodiversité (2-MAH4-Biodiversite (eaurmc.fr); L’ensemble des aides est directement consultable sur le site 12e programme "Sauvons l'eau 2025-2030" - Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse
Région Sud – Gestion intégrée des milieux aquatiques et humides : Gestion intégrée des milieux aquatiques et humides - Région Sud - Provence-Alpes-Côte-d'Azur
  • Objectif : accompagner des démarches à l’échelle des bassins versants (ex. contrats de milieux, SAGE), favoriser la restauration morphologique des cours d’eau, développer la connaissance (milieux/espèces) et la protection de la biodiversité via la trame bleue, les zones humides et la lutte contre les espèces invasives.
  • Bénéficiaires : structures publiques gestionnaires de milieux aquatiques (intercommunalités, EPAGE/EPTB, établissements publics), conseils départementaux, fédérations départementales de pêche, associations/fondations à portée régionale, organismes de recherche.
  • Taux indicatif : 30 % maximum.
  • Objectif : renforcer la résilience du territoire régional et ses fonctionnalités écologiques, en soutenant des actions de préservation / maintien / restauration des continuités écologiques.
  • Bénéficiaires : collectivités et groupements, établissements publics, associations, entreprises (selon conditions).
  • Modalités : dépôt au fil de l’eau via le portail régional ; déposer ≥ 3 mois avant le début prévisionnel.
  • Taux indicatif : jusqu’à 80% du montant subventionnable retenu.
CDC Biodiversité – Programme “Nature 2050” (Fonds Nature 2050) – Cofinancement de solutions fondées sur la nature : S’engager | CDC Biodiversité
  • Objectif : cofinancer des projets de préservation/restauration de la biodiversité et d’adaptation au changement climatique via des solutions fondées sur la nature, avec pérennité jusqu’en 2050.
  • Thématiques / cibles : zones humides ; continuités écologiques ; biodiversité en ville ; transitions agricole et forestière ; écosystèmes marins et côtiers.
  • Conditions clés : cofinancements requis ; financement prioritaire sur dépenses de restauration écologique / phase travaux ; sécurisation foncière / garantie de vocation écologique jusqu’en 2050 ; surface d’intervention > 5 000 m² ; suivi-évaluation.
  • Modalités : dépôt au fil de l’eau ; instruction et validation via un comité de pilotage (réunions plusieurs fois/an).
Fondation Terres d’eau Accueil - Terres d'eau
  • Objectif : Agir pour l’eau, la biodiversité et le patrimoine des fleuves, rivières et canaux sur le territoire national.
Flamingo – plateforme de financement participatif dédiée aux zones humides
  • Objectif : Soutenir les initiatives local, en France et en Suisse, en faveur de la protection des zones humides notamment via le financement participatif (crowdfunding).

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